Jednym z obowiązków Instytucji Zarządzającej jest wykrywanie i usuwanie nieprawidłowości. W praktyce obowiązek ten jest realizowany poprzez kontrole projektów, a w szczególności kontrole udzielania zamówień publicznych. W przypadku wykrycia nieprawidłowości konieczne jest odzyskanie kwot nienależnie wypłaconych wraz z odsetkami, bądź pomniejszenie wydatków kwalifikowanych, jeżeli środki nie zostały jeszcze wypłacone.
O zamówieniach publicznych i nie tylko